Можно ли принять к вычету НДС по товарам, приобретенным за счет федерального бюджета?

Нельзя, отвечает Минфин России в письме от 31.08.2016 № 03-07-11/50730.
Специалисты разъясняют, что если товары (работы, услуги) приобретаются за счет средств федерального бюджета, то суммы НДС оплачиваются продавцам за счет средств этого бюджета.

Принятие к вычету (возмещению) сумм НДС, оплачиваемых за счет средств федерального бюджета, приведет к повторному возмещению налога из федерального бюджета. Поэтому в случае получения из федерального бюджета средств на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), суммы НДС, ранее принятые к вычету по таким товарам (работам, услугам), следует восстановить.