Какой КПП указывать крупнейшему налогоплательщику в декларации по НДС, счетах-фактурах и первичных учетных документах?

Поскольку налоговая декларация по НДС представляется крупнейшими налогоплательщиками в налоговый орган по месту постановки на учет в качестве крупнейшего налогоплательщика, то в данной декларации указывается КПП, содержащийся в Уведомлении (форма № 9-КНУ, утвержденная Приказом ФНС России от 26.04.2005 № САЭ-3-09/178).
В первичных учетных документах, а также в счетах-фактурах рекомендуется указывать КПП, содержащийся в этом Уведомлении и налоговой декларации по НДС.
Если в счете-фактуре будет указан КПП по месту нахождения организации, то это не считается основанием для отказа в принятии к вычету сумм НДС.
ФНС России разъясняет это в письме от 07.09.2015 № ГД-4-3/15640@.